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원래 내셔널 리그나 아메리칸 리그나 그냥 리그에 소속된 팀이 다르다는 것을 제외하면 큰 차이가 없었지만, 1973년 아메리칸 리그가 지명타자제도를 도입하면서 두 리그의 모습이 달라졌다. 그리고 원래는 양대리그는 올스타전과 포스트시즌의 최종 라운드 월드 시리즈를 제외하면 정규리그에서는 맞붙지 않는다는 원칙 아닌 원칙이 있었다. 그런데 1994년 선수단의 파업으로 야구의 인기가 점점 떨어지자 버드 셀릭 커미셔너가 인터리그 제도를 채택하면서 시즌 중에도 서로 맞붙게 되었다.

그 결과 연고지가 같거나 인접한 팀들의 대결이 지역 팬들의 흥미를 불러일으키면서 어느정도 인기를 회복하는데 도움이 되었다. 다만 정통주의 야구를 주창하는 사람들은 이와 같은 제도가 야구의 정신을 훼손시키고 있다면서 까고 있다. 또한 같은 디비전에서 자주 만나면서 플레이오프 진출권을 놓고 경쟁하는 팀들끼리도 일정이 균등하지 않게 배정되는 원인으로도 지목되면서 여러 팀들에게 불만을 사기도 한다. 가령 보스턴 레드삭스는 메이저리그 한때는 강팀이자 인기팀인 필라델피아 필리스와 매년 한 차례씩 인터리그 시리즈를 갖는데, 뉴욕 양키스는 필리스와는 상대도 안되는 전력의 뉴욕 메츠과 6경기를 치른다. 시카고 컵스는 같은 동네 팀인 시카고 화이트삭스와 매년 6경기씩 치르는데 세인트루이스 카디널스는 캔자스시티 로열스와 만나고 신시내티 레즈는 클리블랜드 인디언스와 만난다. 이런 불균형 대진에도 불구하고 인터리그 제도를 고수한다는 것은 분명 문제가 있는 것.

결국 1994년부터 2012년까지 내셔널리그 중부지구와 아메리칸리그 서부지구에 배치된 팀 수의 불균형으로 2013시즌부터 한 지구 5개팀, 각 리그 15개 팀으로 재편하였다. 내셔널리그 중부지구의 휴스턴 애스트로스가 아메리칸리그 서부지구로 옮겨갔다. 이렇게 재편되면서 그간 각 팀마다 다르게 편성되던 팀간 경기수가 아래와 같이 고정되었다. 인터리그 상대 팀을 결정하는 방법은 3년마다 지구별로 순환하여 맞붙는 매치업과 지역 라이벌전 매치업, 이 두 가지가 있으며, 이를 모두 합쳐 20경기를 치른다.